Anthony Reid berhujah bahawa kegagalan jong dalam memerangi kapal-kapal Barat yang lebih kecil dan tangkas dapat meyakinkan para pembuat kapal Jawa bahawa jong yang besar tetapi kurang tangkas menghadapi terlalu banyak risiko selepas Portugis memperkenalkan pertempuran laut gaya Eropah, sehingga kapal-kapal yang mereka bina kemudiannya lebih banyak kecil dan laju.[21] Dari pertengahan abad ke-16 pasukan maritim di Nusantara mula menggunakan jenis baru kapal pertempuran tangkas yang dapat dilengkapi dengan meriam yang lebih besar: Dalam pelbagai serangan yang dilancarkan ke Melaka Portugis selepas kekalahan Pati Unus, mereka tidak lagi menggunakan jong, tetapi sebaliknya digunakan lancaran, ghurab dan ghali.[22] Jong-jong yang berlayar di nusantara selepas tahun 1600-an hanya mempunyai kapasiti muatan purata 100 tan,[23] tetapi masih terdapat beberapa dari mereka yang boleh membawa 200 hingga 300 last beban[catatan 1] (sekitar 360-400 hingga 540-600 tan metrik) pada awal tahun 1700-an.[6]

Dalam kata pengantar antologi cerpen berjudul Jung Jawa oleh Rendra Fatrisna Kurniawan yang diterbitkan Babel Publishing tahun 2009 dengan ISBN 978-979-25-3953-0, disebutkan hilangnya tradisi maritim Jawa tersebut adalah akibat dasar kerajaan Jawa sendiri selepas kekalahan mereka terhadap Portugis dalam serbuan Melaka, yang kemudian memberi tumpuan kepada kekuatan tentera. Selain itu, sikap menindas Amangkurat I dari Mataram terhadap kota kota pesisir utara Jawa. Amangkurat I memerintahkan pelabuhan ditutup dan kapal-kapal dimusnahkan untuk mengelakkan bandar-bandar pesisir daripada menjadi kuat dan memberontak. Ini menghancurkan ekonomi Jawa dan kekuatan maritimnya yang dibina sejak zaman Singhasari dan Majapahit, dan Mataram berubah menjadi negara agraris.[24]

Kehilangan Selat Muria juga merupakan faktor hilangnya jong Jawa. Cawangan besar di sepanjang Rembang-Demak menjadi "terdampar" di tengah-tengah tanah tanpa akses ke laut. Pada tahun 1657 Tumenggung Pati mengusulkan penggalian laluan air baru dari Demak ke Juwana, tetapi sepertinya tidak dilakukan. Ini membuktikan bahawa pada masa itu selat Muria telah hilang atau sudah lebih kecil. Pejabat Perdagangan Hindia Belanda (VOC), Batavia Daghregister, melaporkan pada tahun 1677 bahawa penduduk Mataram di Jawa Tengah dan Jawa Timur kekurangan kapal sendiri bahkan untuk keperluan yang diperlukan, dan sangat tidak peduli dengan laut.[25][26] Ketika VOC dapat berkuasa di Jawa, mereka melarang penduduk tempatan untuk membina kapal dengan muatan lebih daripada 50 tan, dan menugaskan pengawal Eropah ke setiap limbungan kapal.[27] Selepas tahun 1700-an, peranan jong telah digantikan oleh jenis kapal Eropah, yaitu bark dan brigantine, yang dibuat di galangan kapal tempatan di Rembang dan Juwana (dulunya tempat pembinaan jong).[28] Kapal jenis ini boleh mencapai kargo 400-600 tan, dengan purata 92 last (165.6-184 tan metrik).[29]